Nawa południowa zbudowana została w pierwszej połowie XIII wieku. Przykryta została krzyżowym sklepieniem, które obecnie jest najstarsze zachowane na terenie Gdańska.

Znajdują się tu również dwa portale z 1660 roku prowadzące do krużganków. Wschodni dla braci kapłanów i zachodni dla braci konwersów.

Jedna z legend głosi, że w portalu dla braci kapłanów nie chcąc się ze sobą spotykać król polski i szwedzki podpisali pokój oliwski.