Spichlerz opacki to budynek trzykondygnacyjny z małymi okienkami wybudowany w 1723 roku za czasów opata Franciszka Mikołaja Zalewskiego (1772-1740). Nad wejściem od strony wschodniej widnieje kartusz herbowy Godziemba opata Zalewskiego z datą 1723. Na dachu na zwieńczeniach na chorągiewkach ta sama data i herb. Spichlerz łączy się z murem klasztornym z 1608 roku - bramą, obok której stał niegdyś domek odźwiernego. Po II Wojnie Światowej spichrz wykorzystywany był, jako magazyn eksponatów.

W 1947 roku Jan Kilarski w pisał: "Klasztor wraz z kościołem otaczał niegdyś mur obronny, obejmujący wiele klasztornych budynków gospodarczych. Mało z tego zostało. Pałac opacki i szafarnia spalone - jest obszerny spichrz klasztorny w r. 1932 przebudowany na potrzeby życia społecznego, stowarzyszeniowego - jest także SPICHRZ OPACKI, który zachował swój dawny spichrzowy wygląd, może taki, jaki był w r. 1596, zapisanym na ładnie zarysowanej chorągiewce dachowej. Spichrz ten do czasu wojny służył za magazyn dla muzeum oliwskiego, o którym była już mowa; podobną funkcję pełni i teraz, będąc jedną z muzealnych zbiornic; - przechowuje się w nim część uratowanego gdańskiego mienia kulturalnego, część inwentarza gdańskich kościołów. Za spichrzem i rzeczką zasilającą parkowe stawy ukazują się skrzydła wiatraka. To resztka regionalnego działu dawnego muzeum, z czego się został i drewniany kierat, a co ważniejsze dwie wczesnohistoryczne łodzie w okolicach Gdańska spod ziemi dobyte."

W 1959 roku Franciszek Mamuszka i Jerzy Stankiewicz pisali: "Z cenniejszych eksponatów przechowywanych tutaj należy wymienić boazerie i malowidła z Dworu Artusa, boazerie z Domu Uphagena (Długa 12) oraz odlewy gipsowe kamieniarki fasady Domu Speimana ("Złota Kamienica", Długi Targ 41); są tutaj też liczne fragmenty wyposażenia wnętrz gdańskich kościołów. Wszystkie te eksponaty wymagają jak najszybszej konserwacji. Od strony północnej, koło spichrza, zostały zgromadzone fragmenty kamieniarki z 1697 r. oraz dwie lufy armatnie z trzech, znajdujących się przedtem w części zachodniej pałacu."

Od 1988 roku w spichlerzu mieści się Muzeum Etnograficzne Oddział Muzeum Narodowego w Gdańsku. Najcenniejszymi eksponatami są m.in.: kolekcja mebli ludowych z terenu Pomorza Wschodniego, kolekcja dokumentująca kulturę osadników Żuław do 1945 roku.

Oprócz wystawy stałej urządzane są w spichlerzu wystawy czasowe jak np.: 10.11.2004-28.03.2005 "Brasławszczyzna - kresy Kresów II Rzeczypospolitej", 14.04.2005-15.08-2005 "Stroje ludowe Środkowej Frankonii".