W latach 1958-1965 stary i nowy pałac został odbudowany staraniem Muzeum Pomorskiego. Miała się w nim znajdować ekspozycja etnograficzna. Plany te jednak popsuły władze wojewódzkie oddając Dom Opacki Instytutowi Budownictwa Wodnego PAN. W 1969 roku na parceli przy ul. Kościerskiej 7 powstały pierwsze zabudowania Instytutu. Jednak dopiero w latach 80 przeniosły się tam wszystkie zakłady i Administracja, a Stary Pałac Opatów oddany został muzeum w 1989 roku. Od 1990 roku mieści się w pałacu Oddział Sztuki Współczesnej Muzeum Narodowego w Gdańsku.