Pod koniec wojny Pałac Opatów wykorzystano, jako magazyn materiałów wojskowych a wywiezione eksponaty nie zostały zlokalizowane. Budynek został podpalony przez wycofujące się wojska niemieckie w czwartek wieczorem dnia 22.03.1945 roku. Ponieważ wiatr wiał wówczas od strony katedry ona ocalała, ale spalił się również Stary Pałac Opatów. Po wygaśnięciu pożaru pozostały jedynie wypalone ściany. W 1947 roku zabezpieczono prowizorycznie ściany oraz planowano wykonać zadaszenie. Zadaszenia nie wykonano, co spowodowało, że w 1956 roku runęła ściana wewnętrzna w części zachodniej.